Nonostante alcuni abbiano voluto identificare il sito su cui sorge l’abitato di Stroncone con quello dell’antica Trebula Suffena, non si hanno notizie certe sull’origine del centro. E’ probabile, tuttavia, che l’insediamento sia sorto nel corso dell’altomedioevo, forse a partire da un piccolo elemento difensivo, una torre d’avvistamento posta a guardia di alcuni assi viari importanti per quell’epoca. Stroncone veniva a trovarsi, infatti, in una zona di confine fra il Ducato longobardo di Spoleto e i territorio sottoposti al controllo dei Bizantini. Proprio dal nome di uno dei duchi di Spoleto, Ugone, deriverebbe quello del centro, ottenuto dall’originario “castrum Hugonis”, corrotto in “Castrugone”, “Strungone” ed infine “Stroncone”.
Il primo documento che attesti l’esistenza dell’abitato risale al 1012, anno in cui Giovanni di Pietro dona al monastero di San Simeone i suoi possedimenti situati nel territorio di Stroncone, le case e i casalini che possiede all’interno del “castello” di Stroncone e la sua porzione della chiesa di Sant’Angelo, che viene definita “oratorio” in questa data.
Altri documenti del secolo XI confermano l’esistenza di un insediamento ormai ben definito, un vero e proprio castello, provvisto di fortificazioni e di mura, all’interno delle quali si trovano case, una piazza,edifici di culto. In questo periodo Stroncone gravita nell’orbita di Narni, facendo parte anche del territorio diocesano di questa città. Proprio al fine di contrastare la politica espansionistica del comune di Narni, in perenne contesa con i comuni di Terni e Rieti, e nell’ottica della ristrutturazione dello Stato Pontificio, Innocenzo III concederà a Stroncone l’autonomia comunale nel 1215 (LANZI 1895). Da questo momento in poi la politica del centro seguirà sempre la parte guelfa tanto che sullo stemma del comune compaiono la croce bianca su fondo rosso e e le chiavi pontificie. Stroncone è accanto a Narni nel sostenere l’esercito del papa contro le truppe imperiali di Federico II di Svevia, appoggiate dal comune di Terni. Con il XIV secolo la cittadina, seguendo ancora il destino di Narni, appare governata dai rettori dello Stato Pontificio (Ugo Augeri, Bernardus De Lacu, Pietro di Vico, Girolamo Orsini, Francesco Orsini, Nicola Orsini), sostituiti dal 1377, alla fine dell'esilio avignonese dei papi, da vicari della Santa Sede che governano attraverso un commissario.
Nel gennaio 1378, il comune di Stroncone, piccola “terra murata” nella diocesi di Narni, si vide riconoscere da Gregorio XI il privilegio di terra immediatamente soggetta alla Santa Sede, uno spazio di libertà che gli venne poi confermato, all’inizio dell’età moderna da Leone X. Secondo il Lanzi, nel 1394 la rocca fu occupata da Pandolfo Malatesta e nel 1404 da Andrea Tomacelli: in questa ultima occasione la rocca sarebbe stata in parte distrutta dagli stessi Stronconesi per liberarsi del presidio signorile ed in seguito ricostruita, se è vero che, nel 1493, al passaggio di Pio II Piccolomini, il luogo appariva ancora "munitissimo".
E’ probabile che Stroncone, insieme ad altri centri di parte guelfa come Narni e Miranda, abbia subito danni rilevanti in occasione del passaggio delle truppe imperiali, i Lanzichenecchi, nel 1527. I segni della successiva ricostruzione sono infatti ancora evidenti in molti edifici, soprattutto nell'isolato del palazzo comunale e nelle mura. Non va dimenticata l’influenza politica ed economica esercitata dai frati minori nella vita della cittadina a partire dal XV secolo, tanto da favorire anche a Stroncone come nei principali centri dell’Umbria, la nascita di un monte di Pietà (1466) e di un Monte Frumentario (1489) con lo scopo di combattere le attività economiche illecite e immorali.
Nel XVI secolo la terra era governata dai cardinali del Sacro Collegio attraverso l'ufficio del podestà mentre, dalla fine del secolo XVI, con la riforma amministrativa dello Stato pontificio introdotta da Sisto V, il centro fu sottoposto direttamente alla Camera Apostolica, la quale dipendeva dal pontefice stesso ed era governata da un commissario apostolico residente. Per questo motivo, come in altri centri dello stato pontificio (vedi il caso di Rieti e di Terni), accanto al palazzo dei priori, sede del governo locale, fu costruito il palazzo apostolico, sede periferica del governo centrale, con la residenza del governatore e le annesse carceri, espressione del potere giudiziario che il governatore esplicava. La popolazione del castello, che alla fine del ‘500 era composta di appena cinquecento anime. Mentre il contado non arrivava a seicento focolari, non era divisa in ripartizioni territoriali, ma nelle due parrocchie di Sant’Angelo e di San Nicolò. Non esistendo confini parrocchiali, le due collegiate avevano cura mista e anche “nel funerale uno fungeva ed esercitava l’altrui cura”.
Nell’abitato si registra inoltre, dal tardo medioevo e in età moderna, la presenza di tre confraternite: sulla piazza di San Giovanni si trovava la Compagnia della Misericordia con finalità assistenziali e ospitaliere (reggeva infatti l’ospedale di San Rocco); nei pressi della piazza della Rocca la Compagnia del Gonfalone, diretta dai frati minori; la Confraternita del Sacramento a Santa Maria di Piazza, detta poi San Giovanni Vecchio e infine Santa Maria della Porta, tutte aggregate alle omonime arciconfraternite di Roma.
Fra gli avvenimenti più significativi di età moderna, si ricorda la resistenza sostenuta dagli abitanti di Stroncone contro le truppe francesi di Napoleone, che penetrarono le mura del paese soltanto dopo un assedio durato sette giorni e con l’inganno. Divenuto municipio del Regno d’Italia, Stroncone fu unita al comune di Terni nel 1929. Soltanto dopo la II guerra mondiale, nel 1947 riconquistò l’autonomia amministrativa.